教育经济信息网项目在财政部、教育部直接领导下，由北京科技大学负责组织实施。经过十年的建设，已经建成CEE中心站、教育部分中心、财政部分中心，以及包括北京市在内的全国31个省级数据采集站点的主机系统和网络平台，覆盖了全国各级教育行政部门以及教育直属高校、事业单位。可以实现数据采集、审核汇总、公文流转等多项功能，为主管部门的日常工作和管理决策提供所需的数据信息。
北京科技大学成立以校长为组长、副校长为副组长，相关职能部处负责人为成员的项目建设领导小组，并组建学校直属单位"中国教育经济信息网管理中心"具体负责项目的建设和管理工作。管理中心下设系统运行室、数据分析室、行政办公室、系统研发室、客户服务室以及教育经济与管理研究所。